Lincoln começou a jogar futebol aos nove anos de idade no Clube Atlético Mineiro onde se profissionalizou aos 17 anos e jogou até 22 anos. No clube mineiro, Lincoln conquistou o título estadual de 1999, quando marcou o gol decisivo na final contra o Cruzeiro. No mesmo ano, o apoiador ajudou o Atlético a chegar a decisão do Campeonato Brasileiro; mas, desta vez, Lincoln não teve a mesma felicidade e acabou vice-campeão ao perder a final para o Corinthians.

O sucesso e as boas apresentações com o Atlético renderam ao apoiador uma transferência para o Kaiserslautern, da Alemanha. No modesto clube da primeira divisão alemã, Lincoln atuou por três temporadas (2001/2002- 2002/2003 2003/2004). Em sua primeira experiência na Europa, Lincoln conquistou o vice-campeonato da Copa da Alemanha na temporada 2002/03.

Depois de três anos no Kaiserslautern, Lincoln foi negociado com o Schalke 04, um dos maiores clubes do futebol alemão. No clube de Gelsenkirschen, Lincoln também atuou por três temporadas (2004/2005 - 2005/2006 - 2006/2007) e viveu a melhor fase de sua carreira profissional. Nessas três temporadas, Lincoln conquistou uma Copa Intertoto e uma Copa da Liga Alemã, além de dois vice-campeonatos alemães. Mas teve a frustração de não conseguir por fim a um jejum de títulos alemães do Schalke que dura desde 1958.

Apesar do grande momento vivido no Schalke, Lincoln foi preterido por todos os técnicos que passaram pela Seleção Brasileira. E o apoiador nunca recebeu uma oportunidade de defender as cores de seu país.

Em busca de novos desafios, o Lincoln aceitou a proposta do Galatasaray e se transferiu para o futebol turco no início da temporada de 2007/08. O brasileiro assinou contrato por quatro temporadas com o clube turco.